در اوایل قرن ده هجری دولت صفویه فارس تشکیل و از سال 907 هجری تا 1135 طول کشید. این دولت مثل دولت ازبکیه ماورالنهر ، بر افغانستان چشم حرص و آز دوخته و بناء تجاوز را بر ولایات نیشابور، هرات، مرو، بلخ، سیستان و قندهار گذاشت.
از زمان شاه اسماعیل صفوی که در سال 907 هجری رسما در تبریز تاجگذاری کرد تا سال 989 هجری پایان سلطنت شاه طهماسب، دولت صفوی توفیق زیادی در شکست ازبکهای ساکن در افغانستان حاصل نکرد. ولی با به سلطنت رسیدن شاه عباس یکم در سال 989 هجری ، وی توانست با استفاده از تجربه اروپائیان در زمینه تولید سلاحهای آتشین و به کارگیری غلامان گرجی حکومت مقتدری تشکیل دهد.
وی در ابتدا با دادن امتیازاتی به عثمانیها که دشمن دولت صفوی در غرب بودند ، با آنها صلح کرد. پس از آن به سمت خراسان قدیم ( افغانستان ) لشکر کشید و نیروهای ازبک را از آنجا بیرون راند.
جنگهایی که بین صفویها و ازبکها در ولایات شمالی افغانستان از بلخ تا هرات واقع شد همه به ضرر و خرابی این ولایات عمده ی کشور تمام گردید. به هر حال صفویها ولایات هرات ، نیشابور، سیستان ، مرو و قندهار را از دست ازبکها و امراء محلی افغانی و دولت بابریه هندوستان گرفته مدتی تحت اشغال خویش قرار دادند.
شاه صفی جانشین شاه عباس یکم ، فرمانروایی تند خو و خونریز بود و بیشتر دوران فرمانروایی او سراسر بی رحمی و ستم بر مردم گذشت. در این عهد به دلیل فقدان فرماندهان شایسته نظامی، قندهار به تصرف دولت هند و بغداد به تصرف عثمانیها در آمد. شاه صفی سرانجام به دلیل زیاده روی در نوشیدن شراب و مصرف تریاک در گذشت.
شاه عباس دوم کوشید با اجرای اصلاحاتی به نابسامانیها پایان دهد و ارتش را بازسازی کند. با این همه، در این عهد نیز سیاست تبدیل زمینهای دولتی به زمینه های خاصه ادامه یافت و قندهار دوباره به تصرف ایران در آمد.
پس از وی ، در زمان حکومت شاه سلیمان و مخصوصا شاه سلطان حسین ، به دلیل آشفتگی وضع دربار، خرابی سازمان ارتش به ویژه در مناطق مرزی و عدم نظارت دولت بر امور، مخصوصا امور ایالت مرزی و دوردست، پس از مدتی در پاره ای جاها شورشهایی روی داد. مهمترین این شورشها ، شورش افغانهای ساکن قندهار بود که سرانجام برافتادن دولت صفوی را در برداشت. سلسله صفویه در سال 1135 منقرض شد.

سکه هاي رايج در زمان صفويه از زر و سيم و برنز بود ، ولي در معاملات و داد و ستد بيشتر از سکه نقره و برنز استفاده مي شد و سکه هاي زرين کمتر در دست مردم بود و معمولا در جشن ها و تاجگذاري و اعياد ضرب مي شد. واحد پول در دوران صفوي تومان بود. سکه زر به نام اشرفي و سکه نقره بيستي ، محمدي ، شاهي و عباسي ناميده مي شد و سکه هاي برنزي ، غازي نام داشت که معمولا به آنها فلوس مي گفتند. فلوس يا فلس کلمه اي عربي که معادل فارسي آن پشيز ، پول سياه و يا همان غازي مي باشد. اين کلمه از ابولوس ( (obulus يوناني ، و ابلوس (obolus) لاتين و ابل ((obole فرانسه گرفته شده است و معادل يک ششم درهم (دراخما = Dracma) است.بر روي سکه هاي فلوس معمولاً تصاوير مختلفي از حيوانات و پرندگان و اشکال بروج دوازده گانه و گاهي نيز عکس شخص يا شيئي را دارد و در بعضي موارد پشت سکه اسم و تاريخ ضرب را نيز مي توان مشاهده نمود. هر سال سکه مسي جديدي براي نوروز و يا موقع تعويض حاکم جديد به ضرب مي رسيد و بدين ترتيب قيمت سکه هاي مسي در نزديکي نوروز پايين مي آمد و پادشاه و حاکم وقت از اين راه استفاده مي بردند. بطوريکه گفته مي شد سکه هاي جديد مسي را هر کيلويي دو عباسي خريداري کرده و آنرا دوباره تبديل به سکه هاي مسي جديد کرده و از اين راه چهار برابر استفاده مي بردند و در عين حال مملکت را از داشتن پول زياد غيررسمي حفظ مي کردند. اغلب بعد از عوض شدن و ضرب سکه مسي جديد قيمت سکه مسي قديمي به نصف مي رسيد. بر روي سکه هاي صفوي نام و القاب شاهان به صورت جملاتي که ارادت و وابستگي آنها را به ائمه اطهار و امامان شيعه مي رساند و همچنين تاريخ و نام شهري که سکه در آن ضرب شده ، نقش گرديده است. از زمان شاه عباس دوم اغلب عناوين و القاب به صورت اشعار فارسي نوشته شده و اين يکي از ابداعات و نوآوريهاي جالبي است که در سکه هاي ايراني قبل از صفويه سابقه نداشته است. خط روي سکه هاي شاهان اوليه صفوي نسخ و سپس نستعليق است. پشت سکه ها نيز جمله شهادتين ، علي ولي الله ، نام دوازده امام يا چند تن از ائمه در حاشيه و بندرت نام ضرابخانه نوشته شده است.